Les guerres constantes qui ont financièrement épuisé les royaumes hellénistiques ont également eu un effet sur le sanctuaire de Delphes qui a vu le nombre de ses ex-voto diminuer et son pouvoir financier s'amoindrir. Le dernier ex-voto de caractère militaire qui a été mis en place sur le site était la stèle de Paul Émile, vainqueur de la bataille de Pydna en 168 avant J.-C.; elle soutenait la statue du général à cheval et sa partie supérieure se décorait des reliefs représentant les scènes de la bataille. Cependant, en 86 av. J.-C., un autre général, Sylla, a pillé de nombreux trésors de Delphes sous forme de «prêt». Trois années plus tard la destruction qu'il a infligée allait se compléter par des raids des tribus thraces. Strabon, qui a visité la région dans le 1er siècle avant J.-C., décrit une image d'abandon.

Avec la fin de la démocratie, cependant, le désir des empereurs romains était de maintenir et préserver Delphes, principalement en raison de l'histoire de ce site et de l'importance qu'il avait pour la conscience commune des Grecs. Certains d'entre eux ont pris soin de faire rénover les bâtiments, d'offrir de nouveaux ex-votos et de continuer à organiser les Jeux Pythiques. Cet exemple n’était pas suivi par tous : Néron, qui avait visité Delphes, avait participé aux Jeux, évidemment en gagnant, a emporté avec lui environ 500 statues bronzes de l'espace sacré. Au contraire, Trajan a essayé de perpétuer la gloire du sanctuaire. À la fin de son règne Plutarque est devenu prêtre au sanctuaire d'Apollon et il y est demeuré pendant les trente derniers ans de sa vie (95-125 ap. J.-C.). Le travail de Plutarque est une source abondante d'informations sur les rituels, les monuments, mais aussi les visiteurs de l'espace sacré.

Cependant, l'empereur qui a lié son nom le plus étroitement avec Delphes était Hadrien, qui admirait profondément la Grèce, son art et sa philosophie. Beaucoup de bases de statues conservées portent son nom, mais aucun de ses statues n'a survécu. Au contraire, la statue de son protégé, le jeune Antinoüs de Bithynie, a été préservée pour commémorer à jamais la beauté classique. Inconsolable de sa perte, Hadrien ordonna de placer des statues de Antinoüs presque partout dans l'Empire. La statue de Delphes est probablement la plus belle des statues encore existantes, une figure idéalisée, faite pour l'éternité.

Autour de 170 ap. J.-C., Delphes a reçu un dernier bienfait: Hérode Atticus a décoré le stade avec des bancs de marbre, comme il l'avait fait avec le stade d'Athènes. A partir de ce moment a commencé le déclin de l'Oracle et du sanctuaire. C'est pourtant dans la même période que Pausanias visita le site, commémorant dans ses descriptions le sanctuaire diminuant en pouvoir et prestige. Sans l'œuvre de Pausanias de nombreux monuments auraient resté inconnus ou non identifiés.

Ex-votos de l'époque romaine

Malheureusement, au cours de la "Grande Fouille" les ex-votos romains ont été traités comme de «moindre importance» et pour cette raison leur valeur n'a pas été reconnue tout de suite. La stèle de Paul Émile est une pièce historique très importante car elle dépeint sur sa frise la bataille de Pydna. Le buste du " Romain mélancolique”, qui est nul autre que Titus Quintus Flamininus (229-174 avant J.-C.), le protagoniste de la Seconde Guerre Macédonienne, est conforme à la description de Plutarque dans sa “Vie” .

Le célèbre "Sarcophage de Méléagros" est aussi extrêmement intéressant : il a été trouvé au début du XIXème siècle in situ à la nécropole occidentale, et a été transféré plus tard au musée de Delphes. Il est daté du IIème siècle après J.-C. et il est orné d'un décor en relief qui représente le mythe du Sanglier de Calydon et le conflit entre les chasseurs qui le poursuivaient. Le couvercle du sarcophage a la forme d’un lit, sur lequel se repose une figure féminine, apparemment représentant la défunte.