Η στιγμή της αποκάλυψης του ανδριάντα του Αντίνοου,
© ΕΦΑ Φωκίδας, ΥΠ.ΠΟ.Α

 Οι διαρκείς πόλεμοι που εξουθένωσαν οικονομικά τα ελληνιστικά βασίλεια είχαν τον αντίκτυπό τους και στο ιερό των Δελφών, που είδε τα αναθήματα να λιγοστεύουν και την οικονομική του δύναμη να φθίνει. Το τελευταίο πολεμικού χαρακτήρα ανάθημα που στήθηκε στον χώρο ήταν η στήλη του Αιμίλιου Παύλου, που στήριζε το άγαλμα του έφιππου Ρωμαίου στρατηγού, νικητή στη μάχη της Πύδνας το 168 π.Χ. Το 86 π.Χ. όμως, ένας άλλος στρατηγός, ο Σύλλας, θα λεηλατούσε πολλούς από τους θησαυρούς των Δελφών υπό τύπον «δανείου». Τρία χρόνια αργότερα, το καταστροφικό του έργο έμελλε να συμπληρώσουν επιδρομές θρακικών φύλων. Ο Στράβων, που επισκέφθηκε τον χώρο τον 1ο αι. π.Χ, δίνει μια εικόνα εγκατάλειψης. 

Με το τέλος της δημοκρατίας, ωστόσο, Ρωμαίοι αυτοκράτορες ανέλαβαν να συντηρήσουν τους Δελφούς, εξαιτίας κυρίως της ιστορικότητας του χώρου. Κάποιοι από αυτούς φρόντισαν να ανακαινίσουν κτίρια, να χαρίσουν νέα αναθήματα και να συντηρήσουν τους Πυθικούς αγώνες. Ωστόσο, ο Νέρων, ο οποίος πήγε στους Δελφούς και αγωνίστηκε στα Πύθια, όπου βγήκε φυσικά νικητής, πήρε μαζί του περίπου 500 χάλκινα αγάλματα από  τον ιερό χώρο. Αντίθετα, ο Τραϊανός προσπάθησε να αποκαταστήσει την αίγλη του ιερού. Περί τα τέλη της βασιλείας του ανέλαβε χρέη ιερέα στο μαντείο ο  Πλούταρχος, ο οποίος παρέμεινε εκεί για μια τριακονταετία (95-125 μ.Χ.). Τα έργα του Πλουτάρχου είναι μια αστείρευτη πηγή πληροφοριών για τις τελετουργίες, τα μνημεία, αλλά και τους επισκέπτες του ιερού χώρου. 
Ο αυτοκράτορας που συνέδεσε  στενότερα το όνομά του με τους Δελφούς ήταν ο Αδριανός, λάτρης της Ελλάδας, της τέχνης και της φιλοσοφίας της. Πολλές από τις σωζόμενες βάσεις αγαλμάτων φέρουν το όνομά του, ωστόσο κανένας από τους ανδριάντες του δεν σώζεται. Αντίθετα, διατηρείται σε πολύ καλή κατάσταση ανδριάντας του ευνοούμενού του, του νεαρού Αντίνοου από τη Βιθυνία. Απαρηγόρητος από το χαμό του, ο Αδριανός έδωσε εντολή να στηθούν αγάλματά του σχεδόν παντού στην αυτοκρατορία. Ο ανδριάντας των Δελφών είναι ίσως το ωραιότερο άγαλμα που σώζεται, μια μορφή εξιδανικευμένη, φτιαγμένη για την αιωνιότητα. 
Περί το 170 μ.Χ. οι Δελφοί δέχθηκαν μια τελευταία μεγάλη ευεργεσία. Ο Ηρώδης Αττικός επένδυσε το στάδιο με μαρμάρινα εδώλια, όπως είχε πράξει με το στάδιο της Αθήνας. Από το χρονικό αυτό σημείο και πέρα άρχισε μια καθοδική πορεία του μαντείου και του χώρου. Περίπου την ίδια περίοδο επισκέφθηκε τον χώρο ο Παυσανίας, απαθανατίζοντας στις περιγραφές του το ιερό που έφθινε. Χωρίς τα κείμενά του, πολλά μνημεία θα μας ήταν σήμερα άγνωστα ή αταύτιστα. 

Αναθήματα ρωμαϊκής εποχής
Κατά τη διάρκεια της «Μεγάλης Ανασκαφής», δυστυχώς τα ρωμαϊκά αναθήματα αντιμετωπίζονταν ως «ήσσονος σημασίας» και δεν τους αποδόθηκε εξαρχής η σημασία που τους αναγνωρίζεται σήμερα. Η στήλη του Αιμίλιου Παύλου αποτελεί ένα σημαντικό ιστορικό τεκμήριο, καθώς απεικονίζει στη ζωφόρο της τη μάχη της Πύδνας. Η προτομή του «μελαγχολικού Ρωμαίου», που δεν είναι άλλος από τον Τίτο Κόιντο Φλαμινίνο (229-174 π.Χ.), πρωταγωνιστή του Β΄ Μακεδονικού Πολέμου, συνάδει με την περιγραφή του Πλουτάρχου στον ομώνυμο «Βίο» του. 
Εξαιρετικά ενδιαφέρουσα είναι η περίφημη «σαρκοφάγος του Μελεάγρου» που εντοπίστηκε κατά χώραν στη δυτική νεκρόπολη στις αρχές του 19ου αιώνα και έχει μεταφερθεί σήμερα στο Μουσείο των Δελφών. Χρονολογείται στον 2ο αι. μ.Χ. και είναι διακοσμημένη με πλαστικό ανάγλυφο που εικονίζει το μύθο του Καλυδωνίου Κάπρου και της διαμάχης που ξέσπασε μεταξύ της ομάδας των κυνηγών του. Το κάλυμμα της σαρκοφάγου είναι διαμορφωμένο ως κλίνη επί της οποίας πλαγιάζει μια γυναικεία μορφή, προφανώς η θανούσα.