Έναν αιώνα μετά τα πρώτα εγκαίνια του μουσείου συντελέστηκε νέα επανέκθεση, με στόχο την καλύτερη ανάδειξη ορισμένων από τα εκθέματα, όπως ο Ηνίοχος και τα χρυσελεφάντινα έργα, κυρίως με γνώμονα τα νέα επιστημονικά δεδομένα από τη μελέτη των αντικειμένων, η οποία δεν έχει σταματήσει ως τις μέρες μας. Η αρχιτεκτονική μελέτη έγινε από τον Α. Τομπάζη. Όπως γράφει εύστοχα η τέως Έφορος Αρχαιοτήτων Δελφών Ροζίνα Κολώνια στον οδηγό του Μουσείου, τα εκθέματα διατάσσονται κατά τρόπον ώστε να

«συνθέτουν ένα ιστορικό μυθιστόρημα, που οι σελίδες του διατρέχουν μέσα από την πορεία της έκθεσης δώδεκα αιώνες: αφηγούνται μουσειογραφικά την πολιτική, θρησκευτική και κυρίως καλλιτεχνική δραστηριότητα του πιο ξακουστού ιερού της ειδωλολατρίας και του μαντείου του».