Ο αρχαϊκός ναός του Απόλλωνα κατασκευάστηκε το 510 π.Χ. με χρήματα που συγκεντρώθηκαν από ελληνικές πόλεις, με μέριμνα των Αλκμεωνιδών της Αθήνας. Όταν ο ναός αυτός καταστράφηκε το 373 π.Χ. από σεισμό, οι ελληνικές πόλεις συγκέντρωσαν εκ νέου χρήματα και έκτισαν το ναό που βλέπουμε και σήμερα, ο οποίος ολοκληρώθηκε γύρω στο 330 π.Χ. Ο ναός ήταν δωρικός περίπτερος, με πρόδομο και οπισθόδομο δίστυλους εν παραστάσι. Στο άδυτο βρισκόταν το λατρευτικό άγαλμα του θεού και ο ομφαλός, ενώ στον πρόναο ήταν χαραγμένα τα λεγόμενα «δελφικά παραγγέλματα» των επτά σοφών.

Η προϊστορία του ναού και ο αρχαϊκός ναός
Σύμφωνα με τον μύθο, ο πρώτος ναός του Απόλλωνα ήταν μια καλύβα από κλαδιά δάφνης, ο δεύτερος ήταν φτιαγμένος από κερί και φτερά μελισσών, ο τρίτος από χαλκό και ο τέταρτος από πωρόλιθο, με τη συνδρομή των μυθικών αρχιτεκτόνων Τροφώνιου και Αγαμήδη, αλλά και του ίδιου του θεού Απόλλωνα. Ο ναός αυτός καταστράφηκε το 548 π.Χ. από πυρκαγιά. 
     Ακολούθως, οι ελληνικές πόλεις συγκέντρωσαν χρήματα για την ανοικοδόμηση του νέου ναού, την οποία ολοκλήρωσαν οι Αλκμεωνίδες, εξόριστη αθηναϊκή αριστοκρατική οικογένεια, περί το 510 π.Χ. Ήταν δωρικός περίπτερος,  πώρινος, με μαρμάρινη πρόσοψη και εξαιρετικό γλυπτό διάκοσμο, φιλοτεχνημένο από τον γλύπτη Αντήνορα. Θέμα του ανατολικού αετώματος ήταν η «επιφάνεια» του Απόλλωνα, δηλαδή η άφιξη του θεού στους Δελφούς με τη συνοδεία της αδελφής του Άρτεμης και της μητέρας του Λητούς. Στο δυτικό αέτωμα απεικονιζόταν σκηνή Γιγαντομαχίας, από την οποία σώζονται μόνο οι μορφές της Αθηνάς, ενός πεσμένου Γίγαντα, μιας ανδρικής μορφής και τα μπροστινά μέρη δύο αλόγων. Ο αρχαϊκός αυτός ναός των Αλκμεωνιδών καταστράφηκε από σεισμό το 373 π.Χ.

Ο ναός του 4ου αιώνα π.Χ.
Μετά την καταστροφή του ναού των Αλκμεωνιδών, η Αμφικτυονία συγκέντρωσε ξανά χρήματα μετά από πανελλήνιο έρανο για νέα ανέγερσή του και η διαχείρισή τους ανατέθηκε στην αμφικτυονική επιτροπεία ναοποιών, μορφωμένων πολιτών από διάφορες ελληνικές πόλεις που είχαν αναλάβει τη φροντίδα της οικοδόμησης του ναού. Για διάστημα περίπου μιας δεκαετίας, από το 356 π.Χ. ως το 346 π.Χ. περίπου, οι εργασίες είχαν σταματήσει εξαιτίας του Γ΄ Ιερού πολέμου και των επιθέσεων του Φιλίππου Β΄ και των Θεσσαλών. Ο ναός ολοκληρώθηκε τελικά το 334/333 π.Χ. και μόλις το 330 π.Χ. παραδόθηκε σε χρήση. Ο γλυπτός διάκοσμος των αετωμάτων προστέθηκε το 327 π.Χ. 
Το κτίριο, τα ερείπια του οποίου είναι σήμερα ορατά στον επισκέπτη του χώρου, είναι δημιούργημα των αρχιτεκτόνων Σπίνθαρου, Ξενόδωρου και Αγάθωνα. Πρόκειται για έναν ναό περίπτερο, με 6 κίονες στην πρόσοψη, πρόδομο και οπισθόδομο δίστυλους εν παραστάσι (με δύο κίονες στην πρόσοψη). Στέκει πάνω σε κρηπίδα τριών βαθμίδων από τοπικό σκληρό ασβεστόλιθο, ενώ η ανωδομή ήταν από πωρόλιθο. 
Τα μαρμάρινα αετώματα φιλοτεχνήθηκαν από τους Αθηναίους γλύπτες Πραξία και Ανδροσθένη. Στο ανατολικό αέτωμα απεικονίζονταν ο Απόλλωνας με τις Μούσες και στο δυτικό ο Διόνυσος ανάμεσα στις Θυιάδες (Μαινάδες). Η παρουσία του Διόνυσου ήταν επιβεβλημένη από το γεγονός ότι κατά τους τρεις χειμερινούς μήνες που ο Απόλλων μετέβαινε στη χώρα των Υπερβορείων, κύριος του ναού παρέμενε ο Διόνυσος, του οποίου ο «τάφος» μάλιστα βρισκόταν εντός του ναού. Οι μετόπες του πτερού δεν έφεραν γλυπτό διάκοσμο, καθώς εκεί ήταν προσαρμοσμένες χρυσές ή επιχρυσωμένες ασπίδες, αναμνηστικές των νικών των Ελλήνων εναντίον των βαρβάρων. Στην πρόσοψη και τη βόρεια πλευρά, οι ασπίδες σχετίζονταν με τις νίκες εναντίον των Περσών και ειδικά με τη μάχη του Μαραθώνα (490 π.Χ.), ενώ στη νότια και δυτική πλευρά με τις νίκες εναντίον των Γαλατών (279 π.Χ.). 
Ο σηκός χωρίζεται σε τρία κλίτη με δύο κιονοστοιχίες, καθεμία από τις οποίες έχει οκτώ ιωνικούς κίονες. Σε χαμηλότερο επίπεδο στο σηκό βρισκόταν το άδυτο, όπου γινόταν η χρησμοδότηση από την Πυθία και μόνον οι ιερείς που ερμήνευαν τα λόγια της Πυθίας είχαν δικαίωμα εισόδου. Για το εσωτερικό του ναού είναι γνωστά ελάχιστα στοιχεία, κυρίως από αρχαίους συγγραφείς: στους τοίχους του πρόναου υπήρχαν χαραγμένα ρητά των επτά σοφών, όπως «γνώθι σαυτόν», «μηδέν άγαν» και το γράμμα Ε. Επίσης, υπήρχε χάλκινη εικόνα του Ομήρου και βωμός του Ποσειδώνα, ενώ στο άδυτο υπήρχε το άγαλμα του θεού και ο ομφαλός. Επάνω σε άλλο βωμό, αφιερωμένο στην Εστία, έκαιγε μονίμως ένα κούτσουρο από έλατο. Όταν οι Θράκες επιτέθηκαν στους Δελφούς το 83 π.Χ., το κούτσουρο αυτό έσβησε, γεγονός που θεωρήθηκε κακός οιωνός. 
Το κτίριο συντηρήθηκε και ανακαινίστηκε το 84 μ.Χ. από τον αυτοκράτορα Δομιτιανό, όπως μαρτυρεί μεγαλοπρεπής επιγραφή που φυλάσσεται σήμερα στο Μουσείο, ενώ υπέστη ζημιές από πυρκαγιά τον 3ο αι. μ.Χ. Αναστηλώθηκε μερικώς από τον αυτοκράτορα Ιουλιανό το 363 μ.Χ., ενώ φαίνεται να εγκαταλείφθηκε μετά τα αντιπαγανιστικά διατάγματα του Θεοδοσίου Α΄ στα τέλη του 4ου αι. μ.Χ. 

Κείμενο: Αφροδίτη Καμάρα, Δρ. ΑρχαίαςΙστορίας